amely alatt elsősorban a mikroorganizmusok egymáshoz viszonyított arányának előnytelen módosulását értjük. Egyszerre csökken a diverzitás (a sokszínűség) és borul fel az egyes törzsek közötti kényes egyensúly. Egyre valószínűbb, hogy bármely baktérium túlszaporodása okozhat betegséget, az eddig "patogénnek" nevezett mikróbák esetén mindössze az ok-okozati összefüggés könnyebb bizonyíthatósága ált. Ma már számos betegség háttereként bizonyítást nyert a mikrobióma diszbiózisa.
Holobióma alatt az emberi szervezet sejtjeit és a kommenzális mikroorganizmusok által alkotott funkcionális rendszert értjük. Ennek része a mikrobióma, mely kifejezéssel a baktériumokat, archaikusokat, vírusokat és gombákat illetve az azokat felépítő genetikai állományt illetjük. A kommenzális mikrobióma definíciója korábbi felosztásban szimbióta és patogén organizmusokat takart, ma inkább ezen élőlények egészséges (funkciót betöltő) és eltolódott (diszbiotikus, betegséget okozó) összetételéről szokás beszélni.
Az emberi szervezetben az előfordulásuk helye szerint nevezzük el a mikrobiómát, így hivatkozhatunk bél-, bőr- vagy éppen hüvelyi eredetű összetételre is. A baktériumok egymással alkotott bonyolult hálózatát mátrixnak nevezzük. Ennek a funkcionális egységnek a megbomlása a disbiosis.